Il Mulino venne offerto come dono di nozze a Beatrice d’Este da Ludovico il Moro. Alla morte di lei venne poi ceduto ai Domenicani che ne curarono la gestione fino alla calata di Napoleone.
Venne riscattato nel 1803 dal Marchese Saporiti e subì ancora diversi passaggi di proprietà fino al 1988, quando L’Associazione Irrigazione Est Sesia ne prese possesso.
Nel 2000, il Mulino diventa un museo e oggi le sale di Mora Bassa ospitano una mostra didattica sulle trasformazioni territoriali operate dalla rete irrigua, intitolata “L’Acqua disegna il paesaggio“.
Intorno al Mulino aleggiano interessanti richiami di storia e di leggenda che riportano alla figura di Leonardo da Vinci e che vengono narrati in una mostra permanente costituita dai modelli in legno, funzionanti, di macchine leonardesche.